ฟอสซิลสายพันธุ์ที่มีอายุน้อยกว่าเล็กน้อยProganochelys quenstedi มีฟันเช่น กันแต่ฟันตั้งอยู่บนเพดานปาก ไม่ได้อยู่ที่กรามบนหรือล่าง ตรงกันข้ามกับ Odontochelysเปลือกของ Proganochelysมีคุณสมบัติส่วนใหญ่ของเต่าสมัยใหม่ และห่อหุ้มไหล่และกระดูกเชิงกรานไว้อย่างสมบูรณ์ แม้ว่าOdontochelys , ProganochelysและEunotosaurusจะให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับกายวิภาคยุคแรกเริ่ม แต่กำเนิดของเต่ายังคงเป็นประเด็นที่ถกเถียงกันอย่างมาก มีสมมติฐาน หลักอยู่ 3 ข้อเกี่ยวกับต้นกำเนิด และหลักฐานที่มีอยู่ก็ขาดการสนับสนุนอย่างท่วมท้นสำหรับข้อใดข้อหนึ่ง วิวัฒนาการเต่า สมมติฐานข้อหนึ่งอาศัยการวิเคราะห์ดีเอ็นเอเป็นส่วนใหญ่ในขณะที่ข้ออื่นอ้างอิงจากการศึกษาทางสัณฐานวิทยาของซากดึกดำบรรพ์ สมมติฐานทางดีเอ็นเอชี้ให้เห็นว่าเต่าเป็นพี่น้องร่วมกลุ่มกับอาร์โคซอร์ (กลุ่มที่มีไดโนเสาร์และญาติของพวกมัน รวมทั้งจระเข้และบรรพบุรุษของนกในปัจจุบันและบรรพบุรุษของพวกมัน) สมมติฐานที่สองระบุว่าเต่ามีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับกิ้งก่าและทัวทารา สมมติฐานข้อที่สามเสนอว่าเต่าเกิดจากแอแน็ปซิด (anapsids) ซึ่งเป็นสายเลือดที่กะโหลกศีรษะไม่มีช่องเปิด (temporal fenestrae) ที่ด้านข้างของศีรษะ Anapsida เป็นที่เชื่อกันว่าเป็นบรรพบุรุษของไดอาซิดา — เชื้อสายของสัตว์เลื้อยคลานที่มีกะโหลกศีรษะมีลักษณะเฉพาะคือเฟเนสตราขมับ 2 อัน และต่อมาจะรวมถึงอาร์คโคซอร์ทั้งหมด ตลอดจนกิ้งก่าและทัวทารา