การเปลี่ยนแปลงของแอนติเจนคือการเปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันและรุนแรงในแอนติเจนของไวรัสไข้หวัดใหญ่ ซึ่งโดยปกติจะเป็น HA ระหว่างการเปลี่ยนแปลงของแอนติเจน สายพันธุ์ที่แตกต่างกันทางแอนติเจนที่ติดเชื้อในเซลล์เดียวกันสามารถจัดกลุ่มจีโนมใหม่เข้าด้วยกัน ทำให้เกิดลูกผสมรุ่นลูก เนื่องจากไวรัสไข้หวัดใหญ่ทั้งหมดมีการแบ่งจีโนม ไวรัสทั้งหมดจึงสามารถจัดประเภทใหม่ได้ อย่างไรก็ตาม การเปลี่ยนแปลงของแอนติเจนเกิดขึ้นเฉพาะกับไวรัส ไข้หวัดใหญ่ ในสกุลเดียวกันเท่านั้นและส่วนใหญ่มักเกิดขึ้นในหมู่ IAVs โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การแบ่งประเภทใหม่เป็นเรื่องปกติมากใน AIVs ทำให้เกิดความหลากหลายของไวรัสไข้หวัดใหญ่ในนก แต่พบไม่บ่อยในสายเลือดของมนุษย์ ม้า และสุนัข หมู ค้างคาว และนกกระทามีตัวรับสำหรับ IAVs ทั้งสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและนก ดังนั้นพวกมันจึงเป็น "ภาชนะผสม" สำหรับการจัดประเภทใหม่ หากสายพันธุ์สัตว์สัมพันธ์กับสายพันธุ์มนุษย์สายพันธุ์ใหม่สามารถเกิดขึ้นซึ่งสามารถแพร่เชื้อจากคนสู่คนได้ สิ่งนี้ทำให้เกิดโรคระบาด แต่เกิดขึ้นเพียงจำนวนจำกัด ดังนั้นจึงเป็นเรื่องยากที่จะคาดการณ์ว่าครั้งต่อไปจะเกิดขึ้นเมื่อใด