โครงการพัฒนาขีปนาวุธที่สำคัญอีกโครงการหนึ่งของเยอรมันคือชั้นต่อต้านการขนส่งทางเรือ (เช่นFritz XและHenschel Hs 293 ) ซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อหยุดความพยายามใดๆ ในการบุกรุกข้ามช่องทาง อย่างไรก็ตาม อังกฤษสามารถทำให้ระบบไร้ประโยชน์ได้ด้วยการทำให้วิทยุติดขัด และ ขีปนาวุธ ที่มีสายนำวิถียังไม่พร้อมในวันดีเดย์ หลังสงคราม ชั้นต่อต้านการเดินเรือได้พัฒนาอย่างช้าๆ และกลายเป็นชั้นหลักในทศวรรษที่ 1960 ด้วยการเปิดตัวจรวดร่อนแบบบินต่ำหรือจรวดร่อนที่เรียกว่า "sea-skimmers" สิ่งเหล่านี้เริ่มมีชื่อเสียงในช่วงสงคราม Falklandsเมื่อขีปนาวุธ Exocet ของอาร์เจนตินา ปิดการใช้งานเรือพิฆาต ของกองทัพเรือ นอกจากนี้ยังมีขีปนาวุธต่อต้านเรือดำน้ำจำนวนหนึ่ง โดยทั่วไปแล้วจะใช้ขีปนาวุธเพื่อส่งระบบอาวุธอื่น เช่นตอร์ปิโดหรือระเบิดน้ำลึกไปยังตำแหน่งของเรือดำน้ำ ซึ่งอาวุธอีกชนิดหนึ่งจะดำเนินภารกิจใต้น้ำ